Depuis 1997, les estimations du nombre de smolts qui dévalent de la rivière Sainte-Marguerite vers le Saguenay sont disponibles. Ces données sont essentielles dans la compréhension et la gestion des populations de saumon de la Sainte-Marguerite. En plus d’être un bon indice de la productivité de la rivière et du nombre de smolts présents dans le système, la récolte de ces informations peut nous permettre d’estimer le taux de mortalité en mer. De plus, les caractéristiques individuelles recueillies au même moment sont indispensables à la compréhension des variations inter annuelles de mortalité.

Les estimés de densité permettent principalement d’identifier les zones les plus productives d’alevins et de tacons dans l’ensemble du système. Pour y arriver, 50 sites sur la Principale et 25 sites sur la Nord-Est sont visités chaque années au mois d’août . À chaque occasion, une pêche électrique est effectuée dans une parcelle ouverte de 100 m2. Chaque saumon (alevin ou tacon) récolté a été mesuré, pesé et par la suite relâché. Pour caractériser le substrat, 100 roches ont été aléatoirement choisies et mesurées. Des mesures de vitesse de courant et de profondeurs ont également été prises à chaque station.

Pour documenter les différences inter annuelles de croissance des alevins et des tacons et pour cibler les zones favorisant leur développement optimal, ainsi que pour quantifier le phénomène de précocité, 7 stations sont visitées chaque années à la fin des mois de juin et d'août . À chaque occasion, une pêche électrique est réalisée aléatoirement de façon à recueillir 20 alevins, 20 tacons d’un an et 20 tacons de deux ans. De plus, les infos récoltées nous permettent de documenter l’important phénomène de précocité présent chez les populations de saumons atlantiques.