Génomique de population de l'omble chevalier anadrome (Salvelinus alpinus) au Nunavik

L’omble chevalier (Salvelinus alpinus) est une espèce d’une grande importance alimentaire pour les Inuits du Nunavik. Avec la sédentarisation des communautés Inuites et leur croissance démographique, on peut prévoir une augmentation de la pression d’exploitation sur les stocks de poissons à proximité des villages. Dans ce contexte, l’objectif de mon projet est de caractériser la structure génétique des populations anadromes d’ombles chevalier sur l’ensemble de son aire de répartition au Nunavik. Ces connaissances permettront la désignation d’unité de gestion cohérente avec la biologie de l’espèce, et pourrait donc contribuer à une meilleure gestion de la ressource.

L’omble chevalier effectue une migration des rivières jusqu’à la mer où il s’alimente durant l’été. Contrairement à d’autres salmonidés anadromes, comme le saumon de l’Atlantique qui ne retourne en rivière que pour se reproduire, l’omble chevalier remonte en eau douce pour hiverner dans les lacs à tous les ans, en raison des conditions de température et de salinité extrêmes des mers arctiques. On observe également une plus grande propension de l’omble chevalier à explorer des rivières autres que son lieu de naissance, ce qui peut influencer les processus de structuration et différenciation des populations le long de la côte.

Pour attendre l’objectif du projet, des morceaux de chair ou de nageoire de poissons provenant de différentes rivières au Nunavik seront échantillonnés lors de travaux sur le terrain, ou encore via la collaboration avec des pêcheurs locaux. L’ADN des échantillons sera séquencé suivant le protocole RAPTURE, une technique récente en génomique visant à capturer un grand nombre de séquences d’intérêt dans l’ensemble du génome, et ainsi réduire sa complexité. Les séquences ciblées contiennent des marqueurs SNP (single nucleotide polymorphism) qui permettront la comparaison des individus et des populations.

Un objectif supplémentaire de l’étude sera d’identifier des associations gènes-environnement chez l’omble chevalier au Nunavik. Cela permettra de renseigner sur les adaptations locales développées face à des conditions environnementales particulières. Les données utilisées proviendront pour cet objectif principalement du brise-glace de recherche Amudsen. L’ensemble du projet se déroule dans le cadre de BriGHT (Bridging Global change, Inuit Health and the Transforming Arctic Ocean), un sous-projet de Sentinelle Nord.